El Municipal Puntarenas se fundó en 1952, participó en la Liga Mayor (así se llamaba la Segunda División) , hasta 1963, pese a no campeonizar en esa oportunidad fue ascendido a la primera división donde permaneció por 9 temporadas(hasta 1972). En 1973 jugó en la Liga de Ascenso, y tres años más tarde obtuvo el título de la mano de su entrenador Juan Coleghio goleando a la AD Barbareña, de vuelta en la división de honor se mantuvo por 24 temporadas (hasta el 2000).

Puntarenas obtuvo el subcampeonato de Primera División en 1978, 1982, y 1983, y el Campeonato de Primera División en 1986.

Desde el 2001 el cuadro chuchequero militó en la Liga de Ascenso, de igual forma, en la temporada 2002-2003 disputó la liguilla del descenso ante el Municipal Santa Ana. En Pavas los porteños igualaron a 2 goles, mientras que en el Lito Pérez ganaron 3 - 2, por lo tanto, fueron los santanecos quienes descendieron a la división de ANAFA.

En la temporada siguiente los porteños clasificaron a la segunda ronda, tanto en Apertura como en Clausura, al igual que en el Clausura del 2004. En este torneo se ubicaron de segundo lugar al perder la final con el cuadro de Belén, quien fue el campeón nacional en esa temporada.

El 23 de enero del 2009, y debido a irregularidades con la inscripción de jugadores, el equipo es notificado que fue descendido a la Liga amateur del fútbol costarricense o Primera División de LINAFA.